izrađuje i provodi strategiju i godišnje planove ovjeravanja i revizije poslovanja svih tijela zaduženih i uključenih u sustav provedbe programa Europske unije - Instrumenti pretpristupne pomoći (program IPA), strukturni instrumenti Europske unije (u daljnjem tekstu: programi EU), i nadzire njihovo pravovremeno izvršenje; izrađuje i odobrava planove pojedinačnih revizija

provjerava i ocjenjuje djelotvornost rada sustava upravljanja i kontrole u tijelima za provedbu programa Europske unije, s ciljem osiguravanja namjenskog korištenja sredstava Europske unije, osigurava da se ovjeravanje usklađenosti provedbe programa EU s ciljevima, zadacima i postupcima utvrđenim u Okvirnom sporazumu između Vlade Republike Hrvatske i Komisije Europskih zajednica provodi u skladu s međunarodno prihvaćenim revizijskim standardima i pripadajućom regulativom i da to ovjeravanje uključuje stjecanje sigurnosti primjerenosti sustava upravljanja i unutarnjih kontrola u tijelima za provedbu EU programa

provjerava i ocjenjuje pouzdanost računovodstvenih podataka, zakonitost, točnost i prihvatljivost predmetnih transakcija, te usklađenosti sufinanciranja u nacionalnoj valuti s utvrđenom obvezom

daje preporuke za unapređenje poslovanja u provedbi programa Europske unije i prati njihovu provedbu

surađuje s tijelima za provedbu programa Europske unije, provodi provjeru usklađenosti mišljenja, potvrda i izvješća o provedbi programa EU s propisima EU

izrađuje i dostavlja potvrde, mišljenja i izvješća o reviziji provedbe programa Europske unije Dužnosniku nadležnom za akreditaciju, Nacionalnom dužnosniku za ovjeravanje, Europskoj komisiji i po potrebi drugim korisnicima, te obavlja druge poslove koji proizlaze iz djelatnosti Agencije

obavlja poslove vezane za tekuće poslovanje koje uključuje pravne, financijske, računovodstvene poslove, poslove nabave, planiranje i upravljanje ljudskim potencijalima, pravima iz radnog odnosa, te druge poslove potrebne za rad Agencije

Agencija obavlja i druge poslove iz svog djelokruga koji se utvrđuju Godišnjim programom rada Agencije